В состав Института входит 8 научных подразделений:
ОТДЕЛ ЛИТЕРАТУРОВЕДЕНИЯ И ФОЛЬКЛОРИСТИКИ
ОТДЕЛ ФИЛОСОФИИ, КУЛЬТУРОЛОГИИ И РЕЛИГИОВЕДЕНИЯ
ЦЕНТР ВОСТОЧНЫХ РУКОПИСЕЙ И КСИЛОГРАФОВ
ОТДЕЛ ИСТОРИИ И КУЛЬТУРЫ ЦЕНТРАЛЬНОЙ АЗИИ
ОТДЕЛ ИСТОРИИ, ЭТНОЛОГИИ И СОЦИОЛОГИИ